เมื่อเปิดใช้งานระบบ CNC การตัดที่ต้องการจะถูกตั้งโปรแกรมไว้ในซอฟต์แวร์และกำหนดให้กับเครื่องมือและเครื่องจักรที่เกี่ยวข้อง ซึ่งดำเนินงานด้านมิติตามที่ระบุไว้ เช่นเดียวกับหุ่นยนต์

ในการเขียนโปรแกรม CNC ตัวสร้างโค้ดภายในระบบตัวเลขมักจะถือว่ากลไกไม่มีข้อบกพร่อง แม้ว่าจะมีความเป็นไปได้ที่จะเกิดข้อผิดพลาด ซึ่งจะมากกว่าเมื่อใดก็ตามที่เครื่อง CNC ถูกสั่งให้ตัดมากกว่าหนึ่งทิศทางพร้อมกันการวางตำแหน่งของเครื่องมือในระบบควบคุมเชิงตัวเลขจะกำหนดเป็นโครงร่างโดยชุดอินพุตที่เรียกว่าโปรแกรมชิ้นงาน

ด้วยเครื่องควบคุมเชิงตัวเลข โปรแกรมจะถูกป้อนผ่านบัตรเจาะในทางตรงกันข้าม โปรแกรมสำหรับเครื่อง CNC จะถูกป้อนเข้าสู่คอมพิวเตอร์ผ่านแป้นพิมพ์ขนาดเล็กการเขียนโปรแกรม CNC จะยังคงอยู่ในหน่วยความจำของคอมพิวเตอร์ตัวโค้ดนั้นเขียนและแก้ไขโดยโปรแกรมเมอร์ดังนั้นระบบ CNC จึงมีความสามารถในการคำนวณที่กว้างขวางกว่ามากเหนือสิ่งอื่นใด ระบบ CNC จะไม่คงที่ เนื่องจากสามารถเพิ่มพรอมต์ใหม่ลงในโปรแกรมที่มีอยู่แล้วผ่านโค้ดที่แก้ไขแล้ว